O Convento Nossa senhora da Conceição tem suas origens na construção de uma pequena capela no alto do morro do Itaguaçu, dedicada a Nossa senhora da Conceição, no mesmo ano da fundação da vila de mesmo nome(1532). Nos anos seguintes, por se tratar de uma das primeiras igrejas da colônia, o local passou a ser um dos principais pontos de peregrinação do “Novo Mundo”. Em 1553, foi encomendada a imagem da padroeira para a ermida.
Em 1713, fica pronta a estrutura da igreja como é vista hoje e, entre 1733 e 1734, uma ampliação do edifício terminou por anexar o convento. Em 1833, um incêndio causado por um uso imprudente de tochas, aliado ao estado da madeira empregada na construção do edifício, acabou por destruir grande parte das dependências da igreja e do convento.
Após mais de 20 anos, com a criação da Irmandade Nossa Senhora da Conceição, foi iniciada a reconstrução da igreja auxiliada por contribuições vindas de São Paulo e doações populares. A igreja ficou pronta em 1865 mas o convento permanece em ruínas.
O Convento Nossa senhora da Conceição foi tombado como patrimônio histórico pelo IPHAN em 1941. Em 1948, devido a um raio, parte do teto da igreja despencou e sua torre acabou destruída. A partir de 1952, o então órgão de preservação federal passa a realizar algumas restaurações no edifício, e o mesmo, 2 anos depois, a igreja acaba por ser reaberta para a realização das práticas religiosas.
