A história da Igreja Nossa Senhora do Sion está diretamente ligada à história do bairro onde se localiza, o Suarão, que é um dos bairros mais antigos de Itanhaém. Em 1917 visitou pela primeira vez a vila de Itanhaém o coronel Joaquim Branco, vindo pela ferrovia e, vendo possibilidade empresarial na cidade, propôs ao então prefeito, Totó Mendes, um projeto de urbanização que alinharia as ruas, uniformizando-as ,loteando-as e preparando a cidade para o turismo balneário que estava em crescimento no estado de São Paulo. Este projeto urbanístico de transformação de Itanhaém em uma estância balneária foi acolhido pelo prefeito para ser aplicado, porém as obras não foram todas realizadas por conflitos políticos com outras lideranças do município.
O município de Itanhaém não tinha como pagar os projetos de Joaquim Branco e, assim, pagou-os com terras, o que iniciou a história do bairro. O terreno que Branco recebeu do município como pagamento foi loteado e nomeado Vila Suarão, um investimento imobiliário considerável, sendo que foi aberto um escritório em São Paulo para venda dos lotes e as primeiras casas tiveram suas construções iniciadas em 1925. O local se tornou, então, uma centralidade local e, como prova disso, podemos citar que em 1930 foi aberta uma estação ferroviária da Sorocabana na vila com o mesmo nome do local. Com a estação, chegaram alguns serviços como o Hotel Suarão de propriedade de Pedro Magalhães, onde hoje se encontra a Colônia de Férias.
Assim sendo, aquele local passa a se configurar enquanto urbano. A construção da Igreja de Nossa Senhora do Sion é consequência disso, uma vez que a comunidade local viu a necessidade de haver lá um templo católico que os representasse. Em 1946 iniciou-se um surto de investimentos e, na mesma época, a construção da igreja e o estabelecimento de um pequeno centro comercial ao redor da estação ferroviária, com cinema e hotel. No site da paróquia de Nossa Senhora do Sion consta que em 9 de fevereiro de 1952 foi lançada a pedra fundamental do templo, com missa celebrada pelo padre Pedro Balint e, em 1955 foi celebrado o primeiro matrimônio. A igreja foi construída em terreno pertencente à sociedade civil Círculo Social do Ipiranga. Em 26 de junho de 1969 esta entidade entregou à Diocese de Santos a escritura de doação do terreno. Em 2011 foi criada a paróquia de Nossa Senhora do Sion.
