Considerado um dos primeiros engenhos de cana de açúcar do Brasil, sua construção remete ao século XVI, mais precisamente ao ano de 1534, por ordem do navegador português e primeiro donatário da Capitania de São Vicente Martim Afonso de Souza. No primeiro momento recebeu o nome de Engenho do Governador, por ser de propriedade do donatário da Capitania. Após ser repassado para o comerciante flamengo Erasmos Schetz, da Antuérpia, passou a ser conhecido como Engenho dos Erasmos. A família Schetz nunca conheceu o território e, no entanto, controlavam a produção e os demais acontecimentos da fábrica de açúcar através da correspondência mantida com os feitores, que eram os verdadeiros administrados da unidade produtiva.
No ano de 1943 as ruínas foram adquiridas por Otávio Ribeiro de Araújo. Em 1958 o mesmo repassou a propriedade para a então Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras da Universidade de São Paulo (posteriormente se tornaria a Faculdade de Filosofia, Letras e Ciências Humanas, FFLCH-USP). No mesmo ano, o arquiteto Luis Saia chefe do 4º Distrito da Diretoria de Patrimônio Histórico e Artístico Nacional (órgão federal) definiu o bem cultural como “modelo açoriano, tipo real e movido a água”.
Sabe-se que este monumento é de fato o terceiro a ser construído em território brasileiro, sendo instalado na área hoje pertencente à parte insular do município de Santos. O primeiro engenho conhecido em território da América Portuguesa é o Madre de Deus, de Pero de Góes, sendo datado de 1532; o segundo conhecido é o Engenho de São João, de José de Adorno, datado de 1533 e localizado próximo ao Morro São Bento, também na atual Santos.
De acordo com o historiador Paul Meurs o engenho manteve suas atividades até o século XVIII. Neste período de dois séculos, promoveu a exportação do açúcar e distribuiu para a região os produtos derivados da cana de açúcar, como aguardente e rapadura. O engenho era provido de instalações administrativas e até mesmo de dependências para os escravizados.
Após duas décadas de decadência sob posse da Universidade de São Paulo, entre as décadas de 1990 e 2000 foram realizadas intervenções arqueológicas coordenadas pelos professores Margarida Andreatta (do Museu Paulista) e José Luiz de Moraes (Museu de Arqueologia e Etnologia da USP), com o objetivo de encontrar vestígios arqueológicos que pudessem colaborar para a recuperação da história do bem cultural.
A partir do ano de 2000 o Engenho dos Erasmos passou a adotar programas educacionais, preservacionais e de pesquisa visando um melhor aproveitamento do espaço para diversos públicos. As atividades e os eventos propostos pelo Monumento visam estabelecer uma relação direta com a comunidade e com os moradores que residem no entorno do patrimônio, com o objetivo de fomentar o sentimento de pertencimento e conservação da área de estudo.
